El partido quedaría 1:1 por lo que tendría que jugarse el partido de desempate. Después del 1:1 en la ida, Gerd Müller sentenciaría al Madrid con un doblete para ganar 2:0, por lo que el club jugaría su tercera final de manera consecutiva. Ese año el Bayern caería en la tercera ronda de la Copa de Alemania ante el Duisburgo, y en la liga solo alcanzarían el décimo lugar. Después de un segundo lugar en 1990-91, el club solo obtuvo cinco puntos más que los clubes descendidos en 1991-92. En la temporada de 1992-93, el Bayern perdió en la Copa de la UEFA en la segunda ronda contra el Norwich City -único club inglés que le ha derrotado en su antiguo estadio, el estadio Olímpico de Múnich-. El partido de vuelta en el estadio Olímpico de Múnich estaba lleno, y Paul Breitner jugaría con la camiseta del Real Madrid. El 28 de junio de 1972, el Bayern jugó su primer partido en su nueva casa, el estadio Olímpico de Múnich, siendo este el último partido de la temporada.
En el entretiempo de la ida, el Dinamo ganaba por 3:2 en Múnich, pero el Bayern daría vuelta al marcador para ganar 4:3. Dresde tenía una buena posición de cara al partido de vuelta, sin embargo, el Bayern ya estaba delante del marcador 2:0 tras doce minutos con dos goles de Uli Hoeneß. El Bayern logró que el nombre, el escudo del club, y la camiseta blanca se mantuvieran, sin embargo, debieron utilizar pantalones cortos de color rojo oscuro -dichos colores eran los del Münchner Sportclub-. Los pantalones tendrán un precio de 34,95 euros y las medias de 17,95 euros. Sus sucesores como entrenadores -el italiano Giovanni Trapattoni y alemán Otto Rehhagel- terminaron sin trofeos después de la temporada, no cumpliéndose las altas expectativas del club. El flamante delantero del PSG, Lionel Messi, lamentó la partida de una “leyenda del fútbol”, en referencia al histórico goleador alemán Gerd Müller, fallecido ayer a los 75 años. “Mi récord de 85 goles en 60 partidos, que databa de 1972, fue quebrado 40 años después por el mejor jugador del mundo, Lionel Messi, y yo estoy muy contento por él. Ese año en cambio se perdió la final de la Copa de Europa contra el Aston Villa por 0:1. Por otra parte, entre 1966 y 1981 el Bayern colocó a varios de sus jugadores en el galardón del futbolista del año en Alemania hasta un total de once veces: Beckenbauer (4), Maier (3), Müller (2), Rummenigge y Breitner con uno.
Antes del inicio de la nueva temporada el club le daría la oportunidad de debutar a dos jugadores que más tarde determinarían el futuro del Bayern: Uli Hoeneß y Paul Breitner. En el campo, Paul Breitner y la joven promesa Karl-Heinz Rummenigge, hicieron que el club fuese llamado como el «FC Breitnigge», ya que ambos condujeron al equipo hacia los títulos de la Bundesliga en 1980 y 1981. En 1982 se jugó la final de copa ante el Núremberg, donde después de ir perdiendo 0:2, el Bayern remontó y acabó ganando por 4:2 -Dieter Hoeneß con la cabeza ensangrentada, y cubriéndose la herida con un vendaje marcó un gol-. Años más tarde Rummenigge y Breitner harían que el Bayern fuese conocido como el «FC Breitnigge». A consecuencia del terremoto del océano Índico de 2004, se creó el «FC Bayern – Hilfe e.V», una fundación que tiene como meta concentrar los compromisos financieros del club. El club contó con un equipo de béisbol desde los años 1960. Poco después de su creación en 1962, ganó la Bundesliga tras vencer al campeón defensor TB Mannheim Germania por 10:6. Al año siguiente, el Bayern se enfrentó en la final nuevamente ante el mismo rival pero no consiguió la victoria.
El Bayern tiene el récord de títulos ganados en la Bundesliga y la Copa de Alemania, siendo de esta manera una especie de ejemplo y reto para el resto de los equipos de la Bundesliga alemana. El campo de entrenamiento de la Säbener Straße suele ser usado por todos los equipos del Bayern, camiseta bayern 2021 desde el primer equipo a los benjamines. Es uno de los tantos equipos en Alemania que recurre a esta tecnología para su indumentaria. Para entonces, Lattek había sido muy criticado, sin embargo en su primera temporada completa como entrenador en jefe, ganó la Copa de Alemania y fue subcampeón de nuevo. En la Copa de Alemania llegaron a semifinales donde cayeron ante el Hamburgo. La Supercopa de Europa la disputarían ante el Magdeburgo, quien venía de vencer en la final de la Recopa de Europa al Milan, pero el Bayern y el Magdeburgo no pudieron ponerse de acuerdo en la fecha del partido, y terminó por no jugarse. Estás despedido». El nuevo entrenador sería Dettmar Cramer, el cual no lograría salvar la temporada en la Bundesliga, pero conseguiría defender el título como campeones de Europa. Pál Csernai sustituyó al entrenador Gyula Lorant, mientras que el presidente Neudecker se marchó porque el equipo había rechazado al antiguo «león» Max Merkel como entrenador.