El club le dio el dorsal 23, número que por cuatro temporadas completas había llevado el también mediocampista inglés David Beckham que se había marchado recientemente al Los Ángeles Galaxy de la Major League Soccer. Al igual que en el Real, en la temporada 2009/10 lució el dorsal 10, sustituyendo a Adriano que se había marchado a Brasil. De todas maneras, Vidal fue incluido en la nómina oficial de Jorge Sampaoli el día 1 de junio, viajando a Brasil junto al resto de sus compañeros. Disputó su primer partido oficial con el Real Madrid el 19 de agosto en el partido de vuelta de la Supercopa de España ante el Sevilla F. C. en el Santiago Bernabéu, donde el equipo visitante ganó por 3-5, adjudicándose el torneo. En la Copa del Rey disputó un partido y fueron eliminados en los dieciseisavos de final por el Real Unión de Irún. Esta lesión lo apartó durante varios encuentros del equipo. Anotó 5 goles y sólo pudo disputar 19 encuentros. Durante los primeros partidos de la temporada fue titular y fue una de las piezas claves en las victorias del Madrid, destacando principalmente el partido que jugó ante el Villarreal CF, correspondiente a la segunda jornada, en el que el Real Madrid se impuso por 0-5; en el citado encuentro colaboró con dos goles.
A pesar del altercado, la temporada 2006-07 sería la eclosión definitiva de Cristiano en el equipo, rompiendo la barrera de los 20 goles y ganando la Premier League por primera vez. En los octavos de final ayudó en los tres goles de su equipo para pasar de ronda ante el Chelsea FC, y en los cuartos dio el pase a Diego Milito en el gol de la ida y anotó en la vuelta para ganar ante el CSKA de Moscú. En la Copa de Italia disputaron los octavos de final ante el AS Livorno, al que ganaron con un gol suyo. Sneijder era uno de los favoritos, ya que había ganado varios títulos con su equipo (Copa Italia, Serie A, Supercopa de Italia y Liga de Campeones de la UEFA). Tras conocerse el ganador del premio del 2010, la revista France Football dijo que Sneijder hubiera ganado el antiguo Balón de Oro, ya que los periodistas de todo el mundo de la revista habían elegido en primer lugar a Sneijder, segundo a Iniesta y tercero a Xavi. El 26 de octubre del 2010, la FIFA y los periodistas de la revista France Football dieron a conocer la lista de los 23 nominados para ganar el Balón de Oro.
Fue incluido en el «Once Ideal» de la FIFA del 2010. En los octavos de final de la Liga de Campeones se enfrentó al Bayern Múnich y en el partido de vuelta anotó un gol para ayudar a su equipo a pasar de ronda. ↑ «Anuncia Alex Ferguson su retiro del futbol». ↑ «Robin van Persie se equivoca de vestuario en su primera visita como rival al Emirates Stadium». Su debut en la Primera división española se produjo el 27 de agosto en la primera fecha de la temporada, ante el Atlético de Madrid. En la primera ronda derrotaron al IK Start y en la fase de grupos fueron segundos tras el RCD Español. En la Liga de Campeones llegaron a la fase de grupos tras eliminar al Brøndby IF y fueron segundos tras el Arsenal FC, sin embargo fueron derrotados por el Inter de Milán en los octavos de final por un global de 3 a 2. Disputó 7 encuentros y anotó 4 goles. En la Liga de Campeones disputó 4 partidos de la fase de grupos, en los que anotó un gol ante el Dinamo de Kiev. En la Liga de Campeones sufrieron una gran decepción al ser derrotados en la ronda previa ante el FC Copenhague, por lo que tuvieron que disputar la Copa de la UEFA.
En la Liga de Campeones disputó cuatro encuentros, y fueron eliminados claramente por un global de 5 goles a 0 ante el Liverpool FC. Es el futbolista extranjero con más goles en la historia del futbol brasileño con 107 anotaciones. Pese a la llegada de figuras internacionales como Cristiano Ronaldo o Kaká al Real Madrid en 2009, el futuro de Sneijder en el equipo no peligraba, especialmente después de que el técnico del club, Manuel Pellegrini, confirmase que contaba con el neerlandés. En un principio se pensó que el internacional neerlandés se había lesionado el ligamento cruzado, por lo que debía perderse cerca de media temporada, pero los estudios que le realizaron posteriormente descartaron esa posibilidad, sólo se lesionó el ligamento lateral interno, por lo que sólo estaría fuera de los campos de juego alrededor de tres meses. El jugador neerlandés dijo que fue tratado muy mal durante los últimos días, pero «me voy con la cabeza muy alta. Estoy muy contento de jugar en el Inter». El primer entrenador que tuvo el club fue el inglés Billy Lambe, que dirigió al equipo de enero a septiembre de 1912, ejerciendo tanto de jugador como de entrenador. Durante los primeros quince partidos de la liga el entrenador del equipo fue Rafael Benítez, pero tras los resultados obtenidos en esta (séptimo clasificado) fue sustituido por Leonardo que consiguió situar al equipo en segundo lugar a 6 del AC Milán.