Con el cuello enteramente blanco, al igual que el borde de las mangas, la evolución de los detalles alcanzaba su punto crítico, siendo el único tono empleado adicionalmente a la dupla de colores principales. El «Schickeria München», uno de los principales grupos de ultras del club, abucheaba a Neuer -quien más tarde se convertiría en capitán del club- antes y después de llegar al Bayern con el cántico «Koan Neuer» -trad. Herbert Erhardt era el único jugador experimentado del club, por lo que tuvieron que traer talento joven, entre ellos a Sepp Maier. Desde el 16 de octubre de 2015 sirve como el centro de formación de los equipos juveniles del club, junto con una academia de fútbol, ocho nuevos campos de fútbol y una sala polivalente para los jugadores de balonmano y baloncesto. Sacó de centro el Bayern, que juega con su equipación visitante, de color blanco con detalles en rojo.
Para ello, apela a un diseño muy original con sus clásicos colores verde y blanco. Mientras que su segunda camiseta apela al blanco como color principal. En sus primeros años, el Bayern lució camisetas celestes y pantalones blancos, porque los colores del club eran el blanco y el azul, los de la bandera del estado de Baviera (de hecho, Bayern significa Baviera, en alemán). El rojo disminuía en intensidad y las líneas desaparecieron, dos cambios que dieron paso a un relieve de colores que emula los rombos característicos del escudo del club y la bandera de la Baviera, provincia alemana que decora el nombre del campeón de la Bundesliga. En la temporada siguiente, camiseta de bayern munich el equipo se mantuvo casi sin cambios. El United es el equipo de fútbol que más camisetas ha vendido durante el último lustro, una media de 1,75 millones cada año, según un estudio realizado por Peter Rohlmann, de PR Marketing, y publicado por Sportingintelligence. Haciendo de estas, las mejores telas para confección de camisetas de fútbol. Igualmente en 2017, el Bayern terminó cuarto en la lista de los equipos de fútbol más valiosos dicha revista.
Con el nuevo entrenador Adolf Patek consiguieron el cuarto lugar en la temporada 1958-59 -el mejor resultado de los últimos diez años-. Sin embargo -como pasó en casos similares con Louis van Gaal y Carlo Ancelotti-, la dirigencia del club decidió proteger a su entrenador de las críticas. Sin embargo aparece Roland Endler, un hombre de negocios de la ciudad de Neuss y gran fanático del Bayern, el cual proveyó los fondos necesarios, siendo además recompensado con cuatro años en la presidencia del club. El partido de promoción fue ante el Tennis Borussia Berlín, donde el Bayern conseguiría una contundente victoria por 8:0 en la ciudad de Berlín, además del ascenso. La final sería en el Frankenstadion, de la ciudad de Núremberg, lugar donde 35 años antes el Bayern había conseguido ganar el primer título importante para el club. El 30 de diciembre, el portero del Bayern, Fritz Kosar, tuvo que ayudar en el ataque, por lo que Maier realizó su debut con tan solo 18 años de edad. Ese año en cambio se perdió la final de la Copa de Europa contra el Aston Villa por 0:1. Por otra parte, entre 1966 y 1981 el Bayern colocó a varios de sus jugadores en el galardón del futbolista del año en Alemania hasta un total de once veces: Beckenbauer (4), Maier (3), Müller (2), Rummenigge y Breitner con uno.
Un joven Franz Beckenbauer ganaría además el premio al futbolista alemán del año. Maier, Beckenbauer y Müller conformaron el llamado «eje», que posteriormente llevaría al Bayern a la fama mundial. En 26 partidos, lars7 Müller anotó 32 goles. En Stuttgart, 68 000 espectadores vieron el nuevo triunfo del Bayern 4:0 ante el Hamburgo de Uwe Seeler, con goles de Müller (2), Ohlhauser y Brenninger. En los cuartos de final acabaría su participación al caer 1:4 ante el Dinamo Zagreb de Croacia y empatar a cero en la vuelta. En la edición 1962-63, logró vencer al Basilea XI de Suiza por 0:3 en los dieciseisavos de final. Tras presentar por completo la nueva equipación con la que lucirá en la próxima campaña de Bundesliga y de UEFA Champions League, el FC Bayern München anunció también su nueva edición para coleccionistas. En 1963 no solo habían perdido el campeonato, sino que las Oberligas en Alemania fueron consolidadas en una liga nacional: la Bundesliga. En su primer año como entrenador, Zebec llevó al Bayern a ganar la liga y la copa por primera vez en la historia del club.