Mientras Bayern ofreció a Müller un contrato profesional, el TSV solamente ofreció un contrato de aficionado de un año. A comienzos de 1964, tanto el Bayern y el 1860 Múnich trataron de utilizar los servicios del delantero Gerd Müller desde el club de aficionados de TSV 1861 Nördlingen. Después del 1:1 en la ida, Gerd Müller sentenciaría al Madrid con un doblete para ganar 2:0, por lo que el club jugaría su tercera final de manera consecutiva. Lattek condujo al equipo a conseguir el subcampeonato en la temporada 1969-70, camiseta bayern donde Gerd Müller consigue por tercera vez el título de máximo goleador de la liga al anotar 38 goles. Se creó en 2002 para participar en las diferentes clases de la tercera edad de fútbol en Múnich. Ese año el Bayern caería en la tercera ronda de la Copa de Alemania ante el Duisburgo, y en la liga solo alcanzarían el décimo lugar.
Después de las vacaciones de invierno, el Bayern acortó rápidamente la distancia y se ubicó en el primer lugar de la liga. Sin embargo, el Bayern perdió 2:0 en la final de la Liga de Campeones de la UEFA contra el Inter de Milán de José Mourinho el 22 de mayo en Madrid, quedándose a un paso del triplete -que curiosamente sí completó su rival aquel día-. El 28 de septiembre el entrenador Carlo Ancelotti fue despedido tras una derrota por 3:0 en la fase de grupos de la Liga de Campeones de la UEFA 2017-18 ante el París Saint-Germain, así como una temporada totalmente insatisfactoria en cuanto al rendimiento esperado. El Bayer Leverkusen eliminó al Bayern en los octavos de final de la Copa de Alemania, mientras que en la Liga de Campeones de la UEFA 2008-09 el Bayern llegó a los cuartos de final, siendo eliminados por el a la postre campeón, el Barcelona, después de ganar en el Grupo F y derrotar a Sporting de Lisboa en la primera ronda de la eliminatoria, logrando un resultado global récord en la Liga de Campeones de 12:1. El 27 de abril, dos días después de una derrota en casa contra el Schalke 04 que hizo caer al Bayern al tercer puesto en la tabla, Jürgen Klinsmann fue despedido.
Tras un flojo campeonato de liga y una nueva derrota contra el Alemannia Aquisgrán, el entrenador Magath fue despedido poco después de la pausa de invierno. La primera temporada de Niko Kovač no empezó muy bien, ya que el Bayern se quedó atrás del Borussia Dortmund en la liga durante la primera mitad de la temporada. La siguiente temporada el equipo continuaba con un rendimiento regular y tras la jornada 10 donde el Bayern fue derrotado 5:1 por el Eintracht Fráncfort, Kovač fue despedido, asumiendo el cargo como interino Hans-Dieter Flick. Perdieron la final de Sevilla frente al Eintracht en los penaltis, pero eso no empañó el gran curso de un futbolista inglés que es uno de los defensas más realizadores del viejo continente. ↑ a b «Los 20 mejores datos de los 120 años de historia del Bayern de Múnich». La temporada siguiente el Bayern nuevamente se consagraría campeón, esta vez liderando desde la primera hasta la última jornada, con 11 puntos de ventaja ante su perseguidor, bayern munich equipacion el Colonia. Después de la primera ronda, el equipo dejó marca de 15 victorias y 46 puntos, siendo esta la quinta vez que el Bayern lideraba la primera vuelta de forma consecutiva, consiguiendo además ocho puntos sobre su más cercano perseguidor: el Borussia Dortmund.
Uno de los pocos puntos destacados de los años 1940 y 1950 para el club, fue ganar la Copa de Alemania. Ese año en cambio se perdió la final de la Copa de Europa contra el Aston Villa por 0:1. Por otra parte, entre 1966 y 1981 el Bayern colocó a varios de sus jugadores en el galardón del futbolista del año en Alemania hasta un total de once veces: Beckenbauer (4), Maier (3), Müller (2), Rummenigge y Breitner con uno. Más que nadie, el capitán de larga data Conny Heidkamp, había hecho todo lo posible para mantener a los jugadores juntos durante los días más negros de la guerra. Fue una de las mejores duplas en el fútbol europeo durante aquellas temporadas, generando 18 goles entre ellos. Además, durante la temporada le endosaron un 11:1 al Borussia Dortmund. Bajo la dirección de Nagelsmann, el Bayern completó la hazaña de ganar diez títulos consecutivos de Bundesliga tras derrotar 3:1 al Borussia Dortmund.