Así, obtuvo por segunda vez el mote de campeón mundial. El 8 de mayo de 2013, Universidad de Chile gana la Copa Chile 2012-13 (la cuarta en su historia), venciendo 2-1 a Universidad Católica en la final del certamen, clasificándose así de manera directa a la Copa Sudamericana 2013. A su vez esta copa permitió a Johnny Herrera pasar a la historia del club como el futbolista que más torneos ha ganado con Universidad de Chile (con nueve en total) superando en uno a Luis Musrri.
