En su primer partido por la temporada regular de la Bundesliga, el 25 de agosto de 2012, volvió a anotar en la victoria 3-0 ante el recientemente ascendido Greuther Fürth. Dos semanas más tarde anotó el gol inaugural de la temporada de liga, en un partido como local que terminó 2-1, camiseta bayern 2023 contra el VfL Wolfsburgo. Como sucesor para la temporada 2019-20 estuvo Oliver Glasner obligado el año pasado con el LASK Linz ganado al corredor austriaco. Tras estrenarse su película: ‘Guerrero’, en todas las salas de cine de Perú, y celebrar su onomástico número 33, el inicio de año de Guerrero fue redondo. ↑ «Manuel Burga recibió el premio de Paolo Guerrero como goleador». ↑ «Eurocopa 2012: Portugal ganó 1-0 ante República Checa y clasificó a las semifinales.». El 23 de abril, Müller anotó dos goles y dio una asistencia en la victoria por 4-0 ante el FC Barcelona en la semifinal de la Champions League en el Allianz Arena. Müller había anotado cuatro goles y había hecho dos asistencias durante la competición, lo cual le hizo un goleador para la temporada. 15 goles, convirtiéndose en el quinto máximo goleador de la liga.
«Cristiano Ronaldo se quedó con el récord más discutido: anotó un hat-trick y se convirtió en el máximo goleador de la historia del fútbol». El máximo goleador del torneo es el sueco Henrik Larsson con 40 goles, seguido del neerlandés Klaas-Jan Huntelaar, los colombianos Alfredo Morelos y Radamel Falcao y el español Aritz Aduriz con 34, 32, 31 y 31 goles, respectivamente, siendo además los únicos jugadores en sobrepasar la barrera de los treinta goles en la historia de la competición. Además, fue el goleador de la Copa Mundial de Fútbol de 1970 celebrada en México-. En el primer partido de la Copa de Alemania, metió el último gol para un 3-0 contra Eintracht Braunschweig. El 10 de septiembre de 2011, en un partido contra el SC Freiburg se colocó en primer lugar entre los líderes de asistencias con cuatro asistencias. Segundos después, la salvada del guardameta reboto en la mano de Álvaro Domínguez que dio lugar a otro penal que David Alaba tiró. Müller comenzó la temporada 2013-14 anotando en siete de los 12 partidos de la pretemporada del Bayern. Realizó las pruebas, fue seleccionado y se unió al Bayern de Múnich -el club del que es fanático- en el 2000, con diez años de edad.
El 19 de diciembre de 2012 amplía su contrato con el FC Bayern de Múnich dos años más, manteniéndose en el Allianz Arena hasta 2017. Al término de las vacaciones invernales había anotado nueve goles y dio 9 asistencias en 16 partidos de liga, más otros tres en la Champions. Su gran desarrollo futbolístico le acabó llevando a jugar sus primeros minutos como profesional cuando contaba con 17 años de edad, en el partido de clasificación para la Liga de Campeones de la UEFA del 14 de agosto de 2002 frente al Inter de Milán. 2-0 contra la Roma el 15 de septiembre, en un partido de la Champions League. En los octavos de final de la Champions League contra el Inter el Bayern ganó 1-0 en el estadio Giuseppe Meazza, y Müller marcó en el minuto 31 de la segunda parte, pero el Inter marcó el 3-3 el minuto 88, para ganar por la regla de goles de visitante. Thiago Almada es el primer jugador de la Major League Soccer en activo -y, por ende, también de Atlanta United FC- en consagrarse como Campeón del Mundo. Cuadrado hizo su debut con la Selección Colombiana en 2010. El equipo llegaría a los cuartos de final de la Copa América 2011 y la Copa Mundial de la FIFA 2014, donde se destacó como máximo asistente del torneo.
Fue nombrado mejor jugador joven del torneo y ganó la Bota de Oro con cinco goles y tres asistencias. Llamó de inmediato la atención de varios ojeadores, entre ellos Jan Pienta del Bayern de Múnich, que lo descubrió en un torneo de Murnau en un partido que realizó 7 goles. El 20 de octubre marcó un doblete en la octava victoria seguida del Bayern tras ganar por 5-0 al Fortuna Düsseldorf. El 15 de septiembre de 2009, Müller anotó su primer doblete en la Liga de Campeones en un 3-0 ante el Maccabi Haifa, convirtiéndose en el anotador de un doblete más joven del FCB en la competición reina. El 1 de junio, Müller marcó de penalti en la final de la Copa de Alemania. Tres días después marca su primer gol en la Liga de Campeones desde el punto de penalti en una victoria por 0-1 ante el LOSC Lille Métropole. El 19 de mayo de 2012, anotó un gol en la final de la Liga de Campeones de la UEFA 2011-12, ante el Chelsea FC, pero su equipo acabaría perdiendo en la tanda de penaltis.