Herbert Erhardt era el único jugador experimentado del club, por lo que tuvieron que traer talento joven, entre ellos a Sepp Maier. El Bayern siempre ha contado con una buena cantera de jugadores, y es que la senda la han marcado algunas leyendas del club como Franz Beckenbauer, Sepp Maier, Philipp Lahm, Thomas Müller, Bastian Schweinsteiger, entre otros. Posteriormente pudo independizarse y 1924 sustituyó su escudo por uno muy similar al que poseía entre 1901 y 1906. No obstante, dicha independencia terminaría en 1938, cuando el club atrajo la atención de Adolf Hitler -ya que para entonces el Bayern era el club más prestigioso de Baviera-. Dicha ronda no se llevó a cabo en el año del final de la Segunda Guerra Mundial. Otra cara mostraba el Bayern en la Copa de Campeones de Europa 1975-76. En los dieciseisavos de final vencerían con marcador global 1:8 al Jeunesse Esch. A comienzos de 1924, el club revierte la fusión con el Turnverein Jahn, por lo que el TuSpV Bayern pasa a ser una asociación independiente con el nombre «FC Bayern München», siendo dirigidos esta vez por el escocés Jin McPherson. En octubre de 1919, el München SC se fusionó con el Turnverein Jahn para formar el TuSpV Bayern.
Seis semanas después de la capitulación alemana de mayo de 1945, el Bayern disputaría su primer juego, perdiendo 4:3 a su rival local el Wacker -hoy denominado Innsbruck-. El nuevo comienzo después de la guerra fue difícil, en junio de 1947 Kurt Landauer regresa del exilio, y unas semanas más tarde fue reelegido como presidente de la asociación. En la final celebrada en Núremberg el 12 de junio de 1932, se enfrentaron nuevamente al Eintracht Fráncfort. La final del campeonato alemán del sur la perdió contra el Eintracht Fráncfort y fue como segundo mejor a la ronda final del campeonato alemán. En la segunda mitad, los de Fráncfort empujaron buscando el empate, pero en el 75′ Franz Krumm marcó el 2:0 decisivo para el Bayern. De acuerdo con los registros del club, el Bayern perdió a 56 miembros que perecieron en el campo de batalla, entre ellos los jugadores de selección Josef Bergmaier y Franz Krumm. Antes del último partido de la temporada, se inicia con la actuación de una orquesta que entona uno de los himnos de la institución: «Forever Number One».
Conquistaron esta liga en su primera temporada, pero no lo hicieron otra vez hasta el comienzo de la Primera Guerra Mundial en 1916, la cual detuvo todas las competiciones de fútbol en Alemania. En 1963 no solo habían perdido el campeonato, sino que las Oberligas en Alemania fueron consolidadas en una liga nacional: la Bundesliga. El partido de vuelta contra el Fürth se disputó en el Grünwalder Stadion, y tuvo la característica de que fue transmitido en vivo por radio. En 1926 el Bayern conquistó el campeonato del sur de Alemania, donde los más duros competidores habían regresado, como el Núremberg y el Fürth -quien en ese momento era considerado el mejor equipo alemán en Baviera-. ºEl rojo domina la escena en el kit fabricado por adidas, al punto que la triple franja que caracteriza a la marca también va en ese tono y queda camuflada en los hombros. Ese mismo año suben a jugar la Oberliga Süd. Pero, con el arranque de la Bundesliga, hacemos un repaso por cada una de las nuevas camisetas que podrás disfrutar durante todo el año futbolístico. Al año siguiente Conny Heidkamp pasa a ser jugador-entrenador para afrontar la ronda final del campeonato alemán.
El trofeo final que ganó el Bayern, fue la Copa Intercontinental, en la cual derrotó al Cruzeiro de Brasil, mientras que perdió nuevamente la Supercopa de Europa, esta vez ante el Anderlecht. Como la asociación más exitosa, es sabido que el club es conocido popularmente como «el equipo más grande» -y más odiado- de Alemania. Los colores principales del equipo son rojo y blanco, y la cuadrícula azul y blanca en el núcleo del logotipo del equipo se deriva de los colores y estilos de la bandera bávara. El Bayern se estableció como uno de los grandes clubes de Alemania -tanto así que Wilhelm Simetsreiter, Ludwig Goldbrunner, y Herbert Moll habían representado al equipo nacional de Alemania en los Juegos Olímpicos de 1936 en Berlín-. Durante la Primera Guerra Mundial el club fue un sube y baja, con lo que se temía que el club y su entorno llegaran a su fin. Después de la Segunda Guerra Mundial y disuelto el Consejo de Control Aliado, todos los clubes deportivos de Alemania tuvieron que solicitar una licencia para su nueva fundación.